3.1. Baigiamojo darbo struktūra bei turinys priklauso nuo darbo tikslo, uždavinių, panaudotų metodų. Baigiamasis darbas savo turiniu ir struktūra turi atitikti reikalavimus straipsniams, kurie publikuojami recenzuojamuose mokslo žurnaluose.

3.2. Baigiamąjį darbą turi sudaryti šios dalys: pavadinimas, autoriaus ir jo vadovo vardas, pavardė, įstaigų, kuriuose atliktas darbas pavadinimai, santrauka, 3-6 raktažodžiai, įvadas, literatūros apžvalga, tyrimo metodai ir apimtis, tyrimo rezultatai ir jų aptarimas (aptarimo dalis gali būti ir atskira), išvados ir pasiūlymai, literatūros sąrašas, priedai.

3.3. Santrauka rašoma 1 puslapio apimties lietuvių ir  anglų kalbomis. Joje turi būti šios dalys: trumpas pagrindimas, tyrimo tikslas, uždaviniai, metodai, rezultatai ir išvados.

3.4. Įvade nurodomas nagrinėjamos problemos aktualumas, darbo tikslas ir uždaviniai. Įvade būtina nurodyti, kokius konkrečius darbus atliko pats studijuojantysis.

3.5. Baigiamojo darbo tikslas - išspręsti vieną teoriškai ir (ar) praktiškai aktualų klausimą. Todėl visos jo sudėtinės dalys turi būti skirtos pagrindinei užduočiai atlikti. Tikslas turi būti konkretus, suformuluojamas vienu sakiniu. Jam įgyvendinti numatomi uždaviniai. Jų bakalauro darbe neturėtų būti daugiau kaip keturi. Apibrėžiant tyrimo tikslą ir uždavinius, rekomenduotina vartoti nurodančius veiksmažodžius, pvz.: „nustatyti", „įvertinti" ir pan. Baigiamojo darbo pavadinime, tiksle, uždaviniuose nepatartina vartoti žodžių, pvz.: „išanalizuoti", „ištirti". Analizė, tyrimas yra darbo procedūra skirta apibrėžtų uždavinių ir tikslo pasiekimui.

3.6. Literatūros apžvalgoje kritiškai vertinama, kas nagrinėjamos problemos tematika padaryta Lietuvoje ir užsienyje, kokios problemos išspręstos, kokias būtina spręsti dabar ir ateityje. Rekomenduojama, kad didžioji dalis aptarinėjamų tyrimų būtų ne senesni nei 10 m., ir neapsiribotų vien Lietuvoje atliktais ir publikuotais tyrimais. Literatūros apžvalga neturėtų viršyti 30 proc. darbo apimties.

3.7. Skyrelyje "Tyrimo metodai ir apimtis" glaustai aptariama, kokie darbo atlikimui panaudoti metodai, pateikiami teoriniai argumentai ir paaiškinimai, nurodoma kokia darbo apimtis. Baigiamojo darbo metodai yra labai svarbūs, nulemiantys visą darbo sėkmę. Būtina nuosekliai ir išsamiai aprašyti, kaip buvo atliekamas tyrimas, duomenų šaltinius, jų rinkimo metodus, tyrimo procedūras, duomenų analizei taikytus statistinius metodus ir tyrimo  organizavimą, paaiškinant kada, kur ir kokiomis sąlygomis buvo atliktas tyrimas.

3.8. Skyrelyje "Tyrimo metodai ir apimtis" būtina nurodyti metodologijos šaltinį, paaiškinti, kodėl buvo pasirinkta konkreti strategija.

3.9. Didžiausią Baigiamojo darbo dalį turi sudaryti skyrius, skirtas turimiems duomenims ir jų aptarimui. Jame pateikiami gauti rezultatai.  Tekste lentelėse ir paveiksluose pateikiami  statistiškai apdoroti duomenys. Čia studijuojantysis analizuoja, kritiškai vertina savo gautus rezultatus ir juos lygina su kitų autorių duomenimis. Aptarimo skyrelis gali būti atskiras. Tokiu atveju savo tyrimo rezultatai su kitų autorių duomenimis lyginami tik šiame skyriuje. Aptarimas baigiamas darbo trūkumų apsvarstymu.

3.10. Baigiamasis darbas baigiamas išvadomis ir pasiūlymais. Jos turi atsakyti į keltus tyrimo uždavinius. Kiekvienam uždaviniui turi būti išvada. Išvadas rekomenduojama formuluoti ne konstatuojant gautus rezultatus, o juos apibendrinant. Jos turi sietis su gautais tyrimo rezultatais.

3.11. Į literatūros sąrašą įtraukiami tik darbe panaudoti literatūros šaltiniai. Ne mažiau kaip 70 proc. literatūros šaltinių turi būti publikuota recenzuojamuose mokslo žurnaluose. Literatūra sąraše pateikiama ta kalba, kuria buvo atspausdinta, prisilaikoma nuoseklumo visame sąraše, pvz. jei dedami taškai po autorių inicialų, taip daryti visame sąraše, jei inicialai nuo pavardės atskiriami kableliu, taip daryti visame sąraše.

3.12. Literatūros citavimui ir sąrašo sudarymui būtina naudoti bibliografijos programą, pvz. Zotero, Refworks, EndNote. Rekomenduojama naudoti vieną iš pagrindinių dviejų bibliografijos citavimo stilių - Vankuverio (dažniausiai naudojama biomedicinos moksluose) arba Harvardo:

3.12.1. Vankuverio stilius - literatūros ir duomenų šaltinių nuorodos pateikiamos skliaustuose įrašytu skaičiumi, o literatūros sąrašas sudaromas pagal tų šaltinių citavimo eiliškumą;

3.12.2. Harvardo stilius - literatūros ir duomenų šaltinių nuorodos pateikiamos skliaustuose, įrašoma autoriaus pavarde ir leidinio metai, o literatūros sąrašas sudaromas pagal abėcėlę.

3.13. Baigiamojo darbo pabaigoje gali būti pateikiami priedai (lentelės, techninė dokumentacija, oficialios pažymos ir pan.).

3.14. Baigiamojo darbo pirminę medžiagą studijuojantysis saugo iki darbo apgynimo.